À PROPOS DE NOS TECHNIQUES

Chaque panel est conçu spécifiquement en fonction de l'espèce, du tableau clinique, de l'âge et de la phase de production, ce qui facilite un diagnostic différentiel plus complet et adapté aux maladies infectieuses qui touchent les animaux de production.

Un diagnostic plus complet

Nous étudions simultanément les principaux agents infectieux associés à un même processus clinique, ce qui aide à identifier les infections simples et les co-infections.

Adaptés à chaque cas

Les panels sont conçus en tenant compte de l'espèce, de l'âge ou de la phase de production et du processus clinique, en sélectionnant les agents pathogènes les plus pertinents dans chaque situation.

Optimisation des coûts et des échantillons

À partir d'un même échantillon, nous pouvons analyser différents agents pathogènes par qPCR, ce qui optimise l'utilisation du matériel reçu et réduit le coût par rapport à la réalisation de plusieurs analyses indépendantes.

Des résultats rapides

L'automatisation du processus et l'analyse par PCR en temps réel permettent d'obtenir des résultats rapidement, ce qui facilite la prise de décisions en élevage.

Cette information est particulièrement utile pour réaliser des études épidémiologiques, déterminer des génotypes, identifier les variants et les sérotypes les plus pertinents, différencier des souches et analyser la relation entre des micro-organismes provenant d'animaux, d'élevages ou de foyers différents.

Caractériser virus et bactéries

Nous identifions des génotypes, des variants, des sérotypes et d'autres marqueurs génétiques qui permettent de caractériser avec plus de précision les micro-organismes présents dans un échantillon.

Étudier la relation entre les souches

La comparaison des séquences et des profils génétiques permet d'évaluer le degré de similitude entre des micro-organismes isolés chez différents animaux, lots, élevages ou épisodes cliniques.

Réaliser des études épidémiologiques

La caractérisation moléculaire aide à étudier la circulation des agents infectieux, à établir des relations possibles entre les foyers et à étudier la traçabilité des souches présentes dans un élevage ou une population animale.

Typer les souches bactériennes

Nous appliquons des techniques telles que la MLST (Multilocus Sequence Typing) et la MLVA (Multiple-Locus Variable-number Tandem Repeat Analysis) pour différencier et classer les souches bactériennes en fonction de leurs profils génétiques.

Selon l'objectif diagnostique, nous utilisons des techniques de séquençage Sanger, le séquençage par nanopores et des méthodes de typage moléculaire, complétées par la qPCR lorsque l'identification ciblée de génotypes ou de variants précis est nécessaire.

Séquençage Sanger

Il permet d'obtenir la séquence de régions spécifiques du génome avec une grande précision. Il est particulièrement utile pour l'identification et la caractérisation de régions délimitées du génome des micro-organismes, la confirmation de variants et l'étude de gènes précis.

Séquençage de troisième génération par nanopores

La technologie de séquençage par nanopores permet d'obtenir des séquences d'ADN ou d'ARN qui facilitent les études de caractérisation et d'épidémiologie moléculaire.

Après l'extraction de l'ADN ou de l'ARN de l'échantillon, une région spécifique du génome de l'agent pathogène est amplifiée, ce qui permet de détecter la présence de l'agent en temps réel avec une sensibilité et une spécificité élevées.

Chez les agents pathogènes dont le matériel génétique est de l'ARN, une transcription inverse est réalisée au préalable, ce qui donne lieu à la technique RT-qPCR (Reverse Transcription quantitative PCR).

Détection et identification

La qPCR permet de détecter de façon spécifique le matériel génétique d'un agent pathogène, même lorsqu'il est présent en faible quantité.

Comme elle travaille directement sur l'échantillon, elle facilite un diagnostic rapide des maladies infectieuses sans dépendre de l'isolement ou de la culture préalable du micro-organisme.

Estimation de la charge en agent pathogène

La valeur Cq (Quantification Cycle), également appelée Ct (Cycle Threshold ou Threshold Cycle), correspond au cycle d'amplification au cours duquel le signal fluorescent dépasse le seuil établi par l'essai.

De façon générale, plus la valeur Cq/Ct est faible, plus la quantité de matériel génétique de l'agent pathogène présente dans l'échantillon est élevée.

Cette valeur peut apporter des informations supplémentaires pour interpréter le résultat dans le contexte clinique et épidémiologique, en tenant toujours compte du type d'échantillon, de l'agent pathogène analysé et des caractéristiques de l'essai.

Caractérisation et typage moléculaire

Grâce à des essais de qPCR spécifiques, nous pouvons détecter des gènes de virulence et des toxines, et identifier des sérotypes, des génotypes, des mutations ou des variants précis.

Cette caractérisation apporte une information immédiate sur l'agent détecté et peut aider à orienter les mesures de prévention et de contrôle, ainsi que la sélection et la caractérisation d'isolats destinés à d'autres études.

Différenciation entre souches vaccinales et souches de terrain

Lorsqu'il existe des marqueurs génétiques spécifiques, nous pouvons utiliser des essais de qPCR pour différencier les souches vaccinales des souches de terrain.

Cette information est particulièrement utile dans les programmes de vaccination, les enquêtes épidémiologiques et l'interprétation des résultats positifs après l'administration de certains vaccins.

1. Préparation de l'échantillon

Nous sélectionnons et traitons l'échantillon adapté en fonction de l'agent pathogène et du processus clinique que nous voulons étudier.

2. Extraction des acides nucléiques

Nous extrayons et purifions l'ADN ou l'ARN présent dans l'échantillon.

3. Amplification spécifique

Nous utilisons des amorces et des sondes conçues pour reconnaître des régions précises du génome de l'agent pathogène.

4. Détection en temps réel

L'appareil enregistre la fluorescence générée au cours de chaque cycle d'amplification et détermine la valeur Cq/Ct.

5. Interprétation du résultat

Le résultat est interprété avec l'ensemble des résultats, en tenant compte des contrôles de l'essai, de la valeur Cq/Ct, du type d'échantillon et du contexte clinique et épidémiologique.

• Confirmer la présence et la viabilité d'une bactérie impliquée dans le processus clinique.
• Obtenir la souche bactérienne afin de réaliser des études ultérieures.
• Sélectionner les isolats bactériens destinés à l'élaboration d'autovaccins.
• Réaliser des études de sensibilité aux antimicrobiens.
• Conserver des souches d'intérêt pour la R&D.

Sélection de l'échantillon

Nous sélectionnons et traitons les échantillons les plus adaptés en fonction de l'espèce animale, du processus clinique et des bactéries que nous voulons étudier.

Culture sur milieux spécifiques

Nous ensemençons les échantillons sur des milieux de culture adaptés aux exigences de chaque bactérie, y compris des conditions spécifiques pour la croissance des bactéries aérobies et anaérobies.

Lorsque cela est nécessaire, nous utilisons des milieux ou des étapes de pré-enrichissement qui favorisent la récupération des bactéries présentes en faible concentration ou ayant des exigences de croissance particulières.

Identification bactérienne

Une fois obtenue une culture pure à partir d'une seule colonie isolée, nous réalisons son identification par MALDI-TOF par spectrométrie de masse.

La MALDI-TOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry) est une technique de spectrométrie de masse qui permet d'identifier les bactéries à partir de leur profil protéique caractéristique.

Une petite quantité de la souche bactérienne isolée est déposée sur la plaque de l'appareil. Le MALDI-TOF génère le spectre de masse caractéristique du micro-organisme et le compare automatiquement à une large base de données de référence afin de déterminer son identité.

Dans la plupart des cas, cette technologie permet d'atteindre une identification au niveau du genre et de l'espèce.

Identification rapide

Une fois la bactérie isolée, l'identification par MALDI-TOF peut être réalisée en quelques minutes.

Grande capacité d'identification

Elle permet d'identifier de nombreuses espèces bactériennes d'intérêt vétérinaire à l'aide d'une seule technologie.

Identification précise et objective

La comparaison du profil protéique avec des spectres de référence fournit une identification fiable lorsque le micro-organisme est correctement représenté dans la base de données.

Elle facilite les études ultérieures

Une identification précise de l'isolat permet de sélectionner les analyses complémentaires les plus adaptées, comme les études de sensibilité aux antimicrobiens, la caractérisation moléculaire ou la sélection de souches pour les autovaccins.

C'est un outil particulièrement utile en élevage pour connaître le contact préalable avec certains agents pathogènes, étudier la circulation des maladies dans un élevage et assurer le suivi sanitaire des animaux, des lots ou des troupeaux.

Nous travaillons avec des kits commerciaux de référence et des techniques immunologiques validées, sélectionnés en fonction de l'espèce animale et de l'agent à étudier.

Détection d'anticorps

Elle permet d'identifier des anticorps spécifiques dirigés contre différents agents infectieux et de savoir si l'animal a été en contact avec ces agents pathogènes et a développé une réponse immunitaire contre eux.

Suivi des troupeaux

L'analyse d'animaux individuels ou de groupes permet d'étudier la séroprévalence et la circulation des agents pathogènes au sein d'un élevage, ce qui facilite le suivi des programmes sanitaires.

Profils sérologiques

Dans certains cas, nous pouvons concevoir des profils sérologiques adaptés à l'objectif de l'étude, en sélectionnant des animaux, des lots ou des groupes d'âge représentatifs.

Ces profils permettent d'étudier des situations précises, de comparer différents groupes au sein d'un élevage et d'étudier l'évolution sérologique d'un troupeau au fil du temps, en apportant des informations utiles pour évaluer les changements d'exposition, la circulation des agents infectieux ou la réponse aux programmes de contrôle et de vaccination.

Évaluation des programmes vaccinaux

Dans certaines maladies, la sérologie peut être utilisée pour évaluer la réponse immunitaire après la vaccination et assurer un suivi de l'immunité au niveau du lot ou du troupeau.

Études épidémiologiques

Les profils sérologiques aident à connaître l'exposition d'une population à certains agents infectieux et à étudier son évolution au fil du temps.

ELISA

Le dosage immuno-enzymatique (ELISA) permet de détecter et, selon l'essai, d'estimer la quantité d'anticorps spécifiques présents dans l'échantillon.

C'est une technique largement utilisée en diagnostic vétérinaire pour sa sensibilité, sa reproductibilité et sa capacité à analyser un grand nombre d'échantillons.

Agglutination

Les techniques d'agglutination détectent la réaction entre des anticorps spécifiques et leurs antigènes correspondants, en produisant une agglutination visible qui permet de déterminer la présence d'anticorps dirigés contre l'agent étudié.

Immunofluorescence

L'immunofluorescence permet de détecter des anticorps grâce à leur liaison spécifique aux antigènes et à leur visualisation à l'aide de marqueurs fluorescents.

La présence d'anticorps indique que le système immunitaire a été en contact avec un antigène donné, mais cela ne signifie pas toujours qu'il existe une infection active au moment de l'analyse.

L'interprétation doit être réalisée en tenant compte de facteurs tels que l'âge de l'animal, le statut vaccinal, le moment du prélèvement, la présence d'anticorps maternels, l'épidémiologie de l'élevage et les caractéristiques de chaque maladie.

Lorsque cela est nécessaire, la sérologie peut être complétée par des techniques de diagnostic direct comme la qPCR ou la culture microbiologique afin d'obtenir une vision plus complète du processus clinique.

Grâce aux techniques de chromatographie liquide à haute performance (HPLC et UHPLC), nous pouvons étudier les suspicions d'intoxication et analyser des composés d'intérêt toxicologique dans des matrices complexes.

Analyses toxicologiques

Nous réalisons des analyses visant à la détection, à l'identification et à la quantification de substances toxiques en cas de suspicion d'intoxication ou d'empoisonnement.

Le choix de l'analyse et de l'échantillon le plus adapté dépend de la substance suspectée, de l'espèce animale, des signes cliniques et des circonstances du cas.

Mycotoxines

Nous analysons des mycotoxines importantes en santé et en production animales. Les mycotoxines sont des composés toxiques produits par certains champignons qui peuvent contaminer les matières premières et les aliments.

Leur détection et leur quantification aident à évaluer l'exposition possible des animaux et sa relation avec des problèmes sanitaires ou de production.

La HPLC (High-Performance Liquid Chromatography), ou chromatographie liquide à haute performance, est une technique analytique qui permet de séparer les différents composés présents dans un échantillon afin de les détecter, de les identifier et de les quantifier ensuite.

1. Préparation de l'échantillon

L'échantillon est traité afin d'extraire les composés d'intérêt et de réduire les interférences propres à la matrice.

2. Séparation chromatographique

L'échantillon est introduit dans le système chromatographique, où ses composants sont séparés en fonction de leurs propriétés physicochimiques et de leur interaction avec les phases mobile et stationnaire.

3. Détection et identification

Les composés séparés sont détectés par le système analytique correspondant et sont identifiés à l'aide de paramètres et d'étalons de référence.

4. Quantification

Lorsque l'analyse le permet, nous déterminons la concentration du composé détecté afin d'évaluer le niveau d'exposition présent dans l'échantillon.

L'UHPLC (Ultra-High-Performance Liquid Chromatography) est une évolution de la chromatographie liquide à haute performance qui travaille avec des systèmes capables d'offrir une séparation chromatographique plus efficace.

Cette technologie permet d'obtenir une meilleure résolution, une plus grande sensibilité et une analyse plus rapide, ce qui facilite la détection et la quantification de composés présents dans des matrices complexes et à de faibles concentrations.

Outre leur utilité dans les cas cliniques individuels, chez les animaux de production elles constituent un outil très utile pour suivre les lots et les troupeaux, détecter des altérations subcliniques et étudier leur relation avec la conduite d'élevage, l'alimentation et les performances productives.

Évaluation de l'état sanitaire

Elles permettent d'évaluer l'état général des animaux et de détecter des altérations qui peuvent être liées à des processus infectieux, inflammatoires, métaboliques ou nutritionnels.

Détection de processus subcliniques

Certains changements hématologiques ou biochimiques peuvent apparaître avant l'existence de signes cliniques évidents, ce qui aide à identifier des problèmes sanitaires à un stade précoce.

Suivi des lots et des troupeaux

L'analyse de groupes représentatifs permet d'étudier l'évolution d'une population et de relier certains paramètres à son état sanitaire et à ses performances productives.

Évaluation des changements et des traitements

Les profils sanguins peuvent être utilisés pour évaluer l'évolution des animaux après un traitement ou après l'introduction de changements dans la conduite d'élevage, l'alimentation ou les conditions de l'exploitation.

Études comparatives

Elles permettent de comparer des groupes soumis à différents régimes alimentaires, additifs, conduites d'élevage, conditions environnementales ou lignées génétiques, en fournissant des indicateurs objectifs de leur réponse physiologique.

BIOCHIMIE

La biochimie sanguine permet de mesurer différentes substances présentes principalement dans le sérum ou le plasma et d'obtenir des informations sur le fonctionnement de différents organes et processus métaboliques. Parmi d'autres paramètres, nous pouvons évaluer :

• Les métabolites et produits d'excrétion, liés à différents processus métaboliques et à la fonction de certains organes.
• Les enzymes, dont les variations peuvent être associées à une lésion ou à une altération cellulaire et tissulaire.
• Les protéines et autres composants sanguins, liés à l'état métabolique, nutritionnel ou inflammatoire.
• Les nutriments et les minéraux, utiles pour évaluer l'état nutritionnel et certains déséquilibres métaboliques.

La sélection des paramètres peut être adaptée à l'objectif clinique, productif ou expérimental de chaque cas.

HÉMATOLOGIE

L'hématologie vétérinaire étudie les cellules présentes dans le sang et leurs principales caractéristiques au moyen d'un hémogramme.

Lignée rouge

Nous évaluons les érythrocytes ou globules rouges et les paramètres qui leur sont liés, ce qui fournit des informations utiles pour détecter et caractériser des altérations comme les anémies ou des changements de la concentration des cellules sanguines.

Lignée blanche

Nous étudions les leucocytes ou globules blancs, aussi bien leur nombre total que leur répartition, ce qui apporte des informations sur la réponse immunitaire et sur d'éventuels processus inflammatoires ou infectieux.

Lignée plaquettaire

Nous évaluons les plaquettes et les paramètres associés, essentiels dans les mécanismes d'hémostase et de coagulation.

Les résultats doivent être interprétés en tenant compte de l'espèce, de l'âge, de la phase de production, de l'état physiologique, de l'alimentation et de la situation clinique des animaux.

Dans les études en élevage, l'évaluation conjointe de plusieurs animaux et de leur évolution dans le temps peut apporter plus d'informations qu'un résultat isolé, en aidant à détecter des tendances et à comparer des groupes au sein d'une même population.